Влияние фармакотерапии на генетическое разнообразие биоценоза кишечника

Одним из наиболее частых нежелательных явлений на фоне эрадикационной терапии H. pylori является диарея, обусловленная нарушением состава кишечного биоценоза Цель исследования - оценить генетическое разнообразие кишечного биоценоза у H. pylori-позитивных и H. pylori-негативных пациентов, а также влияние эрадикационной терапии на его количественный и качественный состав Для анализа были использованы 78 образцов кала: 34 образца от H. pylori-позитивных пациентов до эрадикационной терапии, 34 - от тех же пациентов после окончания курса эрадикации, 10 образцов от H. pylori-негативных добровольцев (контрольная группа). Из образцов кала выделяли тотальную ДНК и устанавливали ее нуклеотидную последовательность методом шотган-секвенирования На основании количества видов, качественного состава и индекса видового разнообразия Шеннона оценивали состав сообщества кишечной микрофлоры. Статистический анализ и визуализацию результатов анализа осуществляли в среде R Во всех группах образцов кала преобладающими оказались рода Bacteroides, Prevotella, Eubacterium, Roseburia, Faecalibacterium и Clostridium, однако, вариабельность представленности преобладающих фил Bacteroides и Firmicutes в контрольных образцах оказалась ниже по сравнению с H. pylori-позитивными пациентами до эрадикации и после проведенной терапии. Эрадикационная терапия приводила к уменьшению представленности родов Coprococcus, Bifidobacterium, Collinsella и увеличению количества Clostridium, Bacteroides, Coprobacillus и Flavonifractor У половины пациентов эрадикационная терапия сопровождалась снижением как числа видов, так и индекса Шеннона, что свидетельствуют об уменьшении общего разнообразия и, как следствие, снижении устойчивости сообщества с возможным преобладанием отдельных видов Полученные результаты позволяют предположить, что изменения состава биоценоза кишечника на фоне эра-дикационной терапии индивидуальны и обусловлены исходным состоянием кишечной микробиоты с преобладанием тех или иных ее представителей

биоценоз кишечника, эрадикационная терапия, секвенирование ДНК