Паттерн экспрессии и альтернативный сплайсинг гена HTT в тканях человека

  • Авторы: Малахова А.А1,2,3,4, Елисафенко Е.А1,2,3,5
  • Учреждения:
    1. Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН
    2. Национальный медицинский исследовательский центр им. Е.Н. Мешалкина
    3. Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
    4. Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
    5. Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН
  • Выпуск: Том 12, № 4 (2017)
  • Страницы: 26-32
  • Раздел: Статьи
  • Статья получена: 05.01.2023
  • Статья опубликована: 15.12.2017
  • URL: https://genescells.ru/2313-1829/article/view/120651
  • DOI: https://doi.org/10.23868/201707026
  • ID: 120651


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Ген НТТ (Huntingtin, IT-15) был описан в 1993 г. как экспрессирующийся на высоком уровне в разных отделах мозга и других тканях человека и грызунов. Интерес к этому гену вызван тем, что экспансия тринуклеотидных повторов в первом экзоне приводит к развитию болезни Хантингтона. Однако до сих пор не известны причины избирательной гибели нейронов стриатума в процессе развития заболевания. Изучение паттерна экспрессии НТТ в разных тканях позволит понять, как связано наличие изоформ НТТ с его функционированием в разных тканях и органах человека. В данной работе мы изучили экспрессию и альтернативный сплайсинг НТТ в разных отделах мозга и других тканях человека и провели сравнение паттерна экспрессии НТТ и частоты встречаемости аберрантных форм у условно здоровых людей и больных болезнью Хантингтона. Обнаружено, что в клетках стриатума отсутствуют альтернативно сплайсированные транскрипты НТТ. Это подтверждает важную роль гена HTT в функционировании данного типа нейронов.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. А Малахова

Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН; Национальный медицинский исследовательский центр им. Е.Н. Мешалкина; Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет

Email: amal@bionet.nsc.ru

Е. А Елисафенко

Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН; Национальный медицинский исследовательский центр им. Е.Н. Мешалкина; Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН; Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН

Список литературы

  1. Li S.H., Schilling G., Young W.S. et al. Huntington's disease gene [IT15) is widely expressed in human and rat tissues. Neuron 1993; 11(5): 985-93.
  2. The Huntington's Disease Collaborative Research Group. A novel gene containing a trinucleotide repeat that is expanded and unstable on Huntington's disease chromosomes. Cell 1993; 72(6): 971-83.
  3. Kremer B., Goldberg P., Andrew S.E. et al. A worldwide study of the Huntington's disease mutation. The sensitivity and specificity of measuring CAG repeats. N. Engl. J. Med. 1994; 330(20): 1401-6.
  4. Harjes P., Wanker E.E. The hunt for huntingtin function: interaction partners tell many different stories. Trends Biochem. Sci. 2003; 28(8): 425-33.
  5. Saudou F., Humbert S. The Biology of Huntingtin. Neuron 2016; 89(5): 910-26.
  6. Palidwor G.A., Shcherbinin S., Huska M.R. et al. Detection of alpha-rod protein repeats using a neural network and application to huntingtin. PLoS Comput. Biol. 2009; 5(3): e1000304.
  7. Hughes A.C., Mort M., Elliston L. et al. Identification of novel alternative splicing events in the huntingtin gene and assessment of the functional consequences using structural protein homology modelling. J. Mol. Biol. 2014; 426(7): 1428-38.
  8. Ruzo A., Ismailoglu I., Popowski M. et al. Discovery of novel isoforms of huntingtin reveals a new hominid-specific exon. PLoS One 2015; 10(5): e0127687.
  9. Mort M., Carlisle F.A., Waite A.J. et al. Huntingtin Exists as Multiple Splice Forms in Human Brain. J. Huntington Dis. 2015; 4(2): 161-71.
  10. Labadorf A.T., Myers R.H. Evidence of extensive alternative splicing in post mortem human brain HTT transcription by mRNA sequencing. PLoS One 2015; 10(10): e0141298.
  11. Smit A.F.A., Hubley R., Green P. RepeatMasker 0pen-4.0. 2013-2015, http://www.repeatmasker.org.
  12. Kim D., Langmead B., Salzberg S.L. HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements. Nature Methods 2015; 12(4): 357-60.
  13. Dobin A., Davis C.A., Schlesinger F. et al. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics 2013; 29(1): 15-21.
  14. Kearse M., Moir R., Wilson A. et al. Geneious. Bioinformatics (Oxford, England) 2012; 28(12): 1647-9.
  15. Pertea M., Pertea G.M., Antonescu C.M. et al. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads. Nat. Biotechnol. 2015; 33(3): 290-5.
  16. Shen S., Park J.W., Lu Z.X. et al. rMATS: robust and flexible detection of differential alternative splicing from replicate RNA-Seq data. PNAS USA 2014; 111(51): E5593-601.
  17. Walker F.O. Huntington's disease. Lancet 2007; 369(9557): 218-28.
  18. Ochaba J., Lukacsovich T., Csikos G. et al. Potential function for the Huntingtin protein as a scaffold for selective autophagy. PNAS USA 2014; 111(47): 16889-94.
  19. Hwang S., Disatnik M.H., Mochly-Rosen D. Impaired GAPDH-induced mitophagy contributes to the pathology of Huntington's disease. EMBO Mol. Med. 2015; 7(10): 1307-26.
  20. Jeste D.V., Barban L., Parisi J. Reduced Purkinje cell density in Huntington's disease. Exp. Neurol. 1984; 85(1): 78-86.
  21. Rüb U., Hoche F., Brunt E.R. et al. Degeneration of the cerebellum in Huntington's disease (HD): possible relevance for the clinical picture and potential gateway to pathological mechanisms of the disease process. Brain Pathol. 2013; 23(2): 165-77.
  22. Silvestroni A., Faull R.L., Strand A.D. et al. Distinct neuroinflammatory profile in post-mortem human Huntington's disease. NeuroReport 2009; 20(12): 1098-103.
  23. Bessert D.A., Gutridge K.L., Dunbar J.C. et al. The identification of a functional nuclear localization signal in the Huntington disease protein. Brain Res. Mol. Brain Res. 1995; 33(1): 165-73.
  24. Huang B., Lucas T., Kueppers C. et al. Scalable production in human cells and biochemical characterization of full-length normal and mutant huntingtin. PLoS One 2015; 10(3): e0121055.
  25. Neueder A., Landles C., Ghosh R. et al. The pathogenic exon 1 HTT protein is produced by incomplete splicing in Huntington's disease patients. Sci. Rep. 2017; 7(1): 1307.
  26. Bergmann O., Zdunek S., Felker A. et al. Dynamics of Cell Generation and Turnover in the Human Heart. Cell 2015; 161(7): 1566-75.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Эко-Вектор, 2017


СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: 

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах