Белок-нуклеиновая идентификация: новый метод классификации белков, основанный на белок-нуклеиновом взаимодействии

Для классификации белков используется несколько универсальных свойств белковых молекул. Некоторые белки способны специфически связываться с ДНК и РНК. В данной работе предлагается простой метод для сравнения белков, связывающихся с нуклеиновыми кислотами, который мы назвали «nucleic acid-protein fingerprint». Метод базируется на использовании коротких олигонуклеотидов, иммобилизованных в ячейках гидрогеля, для гибридизации их с белками На первой стадии был определен самый короткий олигонуклеотид, способный специфически связываться с ДНК. Эксперименты с образцами от 2 до 12 оснований показали, что тетрамеры, состоящие из двух универсальных оснований - 5-нитроидол и только 2 обычных основания способны к узнаванию белков. Таким образом, был создан простейший универсальный биочип для связывания белков, состоящий из 16 значимых динуклеотидов. Физическая длина этих нуклеотидов равна 4, где 2 звена 5-нитроиндол, а два звена - обычные основания ДНК Мы изготовили такой биочип и исследовали связывание с ним белков, меченых красителем Texas Red. Паттерны гибридизации двух белков RNase A и Binase показали заметную специфичность и различия между ними. Биочип такой же конструкции, который содержит три или четыре значимых основания, должен иметь еще большую специфичность Таким образом, нами был предложен и экспериментально подтвержден совершенно новый и универсальный принцип классификации белков

классификация белков, белковонуклеиновое узнавание, олигонуклеотиды, биочип