Sravnitel'nyy analiz ekspressii genov pri ingibirovanii RNK khelikazy DDX3 in vitro i in vivo

Abstract

Full Text

Белок DDX3 относится к семейству АТФ-зависимых РНК- хеликаз DEAD бокса, имеющих консервативный мотив Asp-Glu-Ala-Asp, которые были обнаружены у многих организмов - от дрожжей до человека. DDX3 является многофункциональным белком, участвующим в различных стадиях метаболизма РНК: транскрипции, сплайсинге, трансляции, транспорте и деградации (Y. Ariumi et al., 2014). DDX3 является терапевтической мишенью в онкологии, разработана малая молекула-ингибитор хе-ликазной активности (M. Heerma van Voss et al., 2015). С помощью подхода РНК-интерференции экспрессия хеликазы была снижена и были подобраны условия эффективного ингибирования в клеточной линии Hepa1- 6 (80±3% на уровне мРНК и 97±3% на уровне белка) и печени мыши. Для работы in vivo были выбраны две временные точки - 6 дней с эффективностью ингибирования мРНК DDX3 - 85±3%, белка - 63±4% и 13 дней с эффективностью ингибирования мРНК DDX3 - 70±16%, белка - 95±2%. В результате анализа данных высокопроизводительного РНК-секвенирования клеток были обнаружены изменения в экспрессии 107 генов, тогда как для печени были найдены изменения экс-перессии 66 генов на 6 день ингибирования хеликазы DDX3 и 155 генов на 13 день ингибирования. Можно выделить, как общие для клеток и ткани изменения в биологических путях, таких как снижение метаболизма жирных кислот, ксенобиотиков, так и отличающиеся процессы. В случае более короткой временной точки ингибирования DDX3 in vivo наблюдаемые изменения имеют больше корреляций с данными, полученными для клеточной линии, тогда как после 13 дней ингибирования появляются признаки воспалительного процесса и меняется профиль биологических процессов в печени.