Komp'yuternye metody dlya analiza tekhnologiy sekvenirovaniya v analize khromosomnykh kontaktov v kletke

Abstract

Full Text

Развитие экспериментальных технологий, основанных на высокопроизводительном секвенировании ДНК и иммунопреципитации хроматина, дает возможность исследования регуляторных портретов, в том числе в эмбриональных стволовых клетках [1, 2]. Было показано существование кластеров сайтов транскрипционных факторов в геноме, функционирующих в эмбриональных стволовых клетках мыши, связанных с факторами репрограммирования и поддержания плюрипотентности Oct4, Sox2, Nanog [2]. Исследование хромосомных контактов в интерфазном ядре клетки имеет огромное значение для понимания молекулярных механизмов регуляции экспрессии генов, хромосомном регуляторном коде и его влиянии на развитие заболеваний [3]. Последнее десятилетие активно развиваются методы исследования хромосомных контактов в геноме-Hi-C и ChlA-PET. Технология Hi-C (High conformation Capture - «конформации хромосом высокого порядка») позволяет определять все хромосомные контакты в ядре клетки. Технология ChIA-PET (Chromatin Interaction Analysis by Paired-End-Tag sequencing) включает стадию иммунопреципитации хроматина и предназначена для исследования хромосомных контактов, опосредованных белком [3]. Было показано существование обширных промотор-ориентированных хромосомных контактов в геноме человека [4]. Проведен вычислительный эксперимент по анализу сайтов связывания в геноме человека по базам данных ENCODE, Cistrome, показано присутствие кластеров сайтов связывания факторов плю-рипотентности. В данной работе мы представляем обзор компьютерных методов обработки данных о хромосомных контактах в различных типах клеток, обсуждаем ландшафт транскрипции в опухолевых стволовых клетках.