TRANSCRIPTION PROFILE CHANGES IN CELL LINES WITH KNOCK-OUT OF ADAMTS1 AND THBS1 GENES

Abstract

Full Text

Выявление генов, лежащих в основе явления индивидуальной радиочувствительности, является одной из приоритетных задач в современной лучевой терапии онкологических заболеваний. В предварительных исследованиях были выявлены гены, дифференциальная экспрессия которых оказалась связана с эффективностью репарации двунитевых разрывов ДНК. Клеточные линии HeLa с нокаутом по данным генам подвергались воздействию у-излучения 60Co в дозе 2 Гр, после чего был проведен анализ с помощью экспрессионных микрочипов SurePrint G3 (Agilent Technologies). Нокаут генов ADAMTS1 и THBS1 приводил к снижению их собственной экспрессии: в 2,3 раза и в 2,1 раза соответственно. Кроме того, в линии с нокаутом ADAMTS1 экспрессия 57 генов изменялась более чем в 2 раза по сравнению с исходной линией HeLa (повышалась для 33 и снижалась для 24 генов). Условию FDR < 0,05 удовлетворяли 12 генов: 7 генов повышали экспрессию, а 5 - снижали. В линии с нокаутом THBS1 изменялась экспрессия 64 генов (повышалась для 30 и снижалась для 34 генов). Условию FDR < 0,05 удовлетворяли 3 гена: 1 - с повышенной экспрессией; 2 - с пониженной. После облучения в линии с нокаутом ADAMTS1 экспрессия 56 генов была выше (9 генов с FDR < 0,05) а 47 генов - ниже по сравнению с облученной исходной линией HeLa (6 генов с FDR < 0,05). В линии с нокаутом THBS1 50 генов экспрессировались сильнее, а 44 гена - слабее, чем в облученной исходной линии HeLa. Три гена соответствовали критерию FDR < 0,05: 1 - с повышенной экспрессией и 2 - с пониженной экспрессией. Результаты полнотранскриптомного анализа были подтверждены с помощью ПЦР в реальном времени: при нокауте ADAMTS1 оказалась значимо повышена экспрессия гена SEPP1, селенопротеин, и значимо снижена экспрессия гена LXN, кодирующего ингибитор карбоксипептидаз. Таким образом, нокаут генов ADAMTS1 и THBS1 приводит к значительным изменениям транскрипционного профиля опухолевых клеток как до, так и после воздействия ионизирующего излучения.