GENOME-WIDE COMPARATIVE ANALYSIS OF PLASMODIUM FALCIPARUM ISOLATES FROM GEOGRAPHICALLY DISPERSED REGIONS
- 作者: Grinev A.B1, Fokina N.Y.1
-
隶属关系:
- Sechenov First Moscow State Medical University
- 期: 卷 15, 编号 3S (2020)
- 页面: 185
- 栏目: Articles
- ##submission.dateSubmitted##: 18.01.2023
- ##submission.datePublished##: 15.12.2020
- URL: https://genescells.ru/2313-1829/article/view/123292
- DOI: https://doi.org/10.23868/gc123292
- ID: 123292
如何引用文章
全文:
详细
全文:
Одним из наиболее важных протозоонозов является тропическая малярия. Высокая скорость возникновения эволюционных преобразований у паразита и тяжелые осложнения делают это заболевание социально значимым. Несмотря на большое количество исследований, посвященных генетической диверсификации внутри вида P. falc'^arum, не до конца выяснена разница между географически разобщенными изолятами. В рамках настоящей работы были проанализированы геномы 4 изолятов P. falciparum (в культуре), имеющие различное географическое происхождение: 7G8 (Бразилия), GB4 (Гана), Dd2 (Лаос) и HB3 (Гондурас) [1, 2]; использованы сиквенсы, размещенные в базе данных PlasmoDB [3]. Анализ проводился похромосомно, для хромосом 1-14, геномов апикопласта и митохондрии, путем попарного локального выравнивания геномов различных изолятов с помощью инструмента NUCmer, входящего в состав пакета MUMmer (версия 4.0.0beta2) [4]. Геномы сравнивались путем выявления хромосомных перестроек: инсерций, делеций, инверсий. Получены следующие результаты: • Наибольшим сходством обладают геномы изо-лятов 7G8 и GB4 (9 перестроек), наименьшим - GB4 и HB3 (16 перестроек). В среднем значение сходства оценивается в 13.75 перестроек. Между геномами изолятов 7G8 и HB3 имеется большое количество различий - 15 перестроек - несмотря на то, что оба из них происходят из стран Латинской Америки. • Инверсии составляют наибольшую долю от хромосомных перестроек - в среднем 66% различий между геномами двух изолятов; остальные 34% приходятся на инсерции и делеции. • Как правило, инверсии локализованы вблизи концов хромосомы: 62% -5' конца, 24% - 3' конца. На расстоянии более 100 т. п. н. от концов хромосомы расположены лишь 14% инверсий. • Инсерции и делеции, наоборот, расположены преимущественно в центральной части хромосомы - они удалены от ее концов не менее чем на 150 т. п. н. География происхождения изолятов и сходство их геномов демонстрируют отрицательную корреляцию.×
作者简介
A. Grinev
Sechenov First Moscow State Medical University
Email: retrospector@ispras.ru
Moscow, Russia
N. Fokina
Sechenov First Moscow State Medical UniversityMoscow, Russia
参考
- Origin of some P. falciparum strains. URL: https://www. m. ehime-u.ac.jp/school/parasitology/eng/Strain1.htm.
- Theron М., Cross N., Cawkill P. et al. An in vitro erythrocyte preference essay reveals that Plasmodium falciparum parasites prefer Type O over Type A erythrocytes. Sci. Rep. 2018; 8.
- PlasmoDB. Release 46. URL: https://plasmodb.org/ plasmo/.
- Marcais G., Delcher A., Phillippy A. et al. MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system. PLOS Comp. Biol. 2018; 14.