Diarrhea is one of the most frequent adverse events of H. pylori eradication therapy due to a violation of the intestinal microflora The aim of the study was to assess intestinal microflora content in H. pylori-positive and H. pylori-negative patients, as well as the effect of eradication therapy on its qualitative and quantitative composition 78 stool samples were used for analysis: 34 samples from H. pylori-positive patients before eradication therapy, 34 - from the same patients after completion of eradication therapy, 10 samples from H. pylori-negative patients (control group) A total deoxyribonucleic acid (DNA) was isolated from the stool samples by phenol extraction method, a nucleotide sequence of the isolated DNA was established by shotgun sequencing method Composition of intestinal microflora community was evaluated based on the number of species, the qualitative composition and diversity Shannon index. Statistical analysis and visualization of the analysis results were carried out in R medium Bacteroides, Prevotella, Eubacterium, Roseburia, Faecalibacterium and Clostridium were predominant genus in all groups of faecal samples, however, representation variability of the prevailing phyls (Bacteroides and Firmicutes) was lower in the control samples than in H. pylori-positive patients before and after eradication therapy Eradication therapy resulted in reduction of the Coprococcus, Bifidobacterium, Collinsella genera representation and increase in the number of Clostridium, Bacteroides, Coprobacillus and Flavonifractor. In about half of the patients eradication therapy leads to a decrease of both the number of species and the Shannon index, which indicates a decrease in the overall diversity and, consequently, reduction of the stability of community, with a possible predominance of individual species. These results suggest that changes in the intestinal microflora composition after H. pylori eradication therapy are individual and caused by initial condition of the intestinal microbiota with a predominance of its particular representatives
Одним из наиболее частых нежелательных явлений на фоне эрадикационной терапии H. pylori является диарея, обусловленная нарушением состава кишечного биоценоза Цель исследования - оценить генетическое разнообразие кишечного биоценоза у H. pylori-позитивных и H. pylori-негативных пациентов, а также влияние эрадикационной терапии на его количественный и качественный состав Для анализа были использованы 78 образцов кала: 34 образца от H. pylori-позитивных пациентов до эрадикационной терапии, 34 - от тех же пациентов после окончания курса эрадикации, 10 образцов от H. pylori-негативных добровольцев (контрольная группа). Из образцов кала выделяли тотальную ДНК и устанавливали ее нуклеотидную последовательность методом шотган-секвенирования На основании количества видов, качественного состава и индекса видового разнообразия Шеннона оценивали состав сообщества кишечной микрофлоры. Статистический анализ и визуализацию результатов анализа осуществляли в среде R Во всех группах образцов кала преобладающими оказались рода Bacteroides, Prevotella, Eubacterium, Roseburia, Faecalibacterium и Clostridium, однако, вариабельность представленности преобладающих фил Bacteroides и Firmicutes в контрольных образцах оказалась ниже по сравнению с H. pylori-позитивными пациентами до эрадикации и после проведенной терапии. Эрадикационная терапия приводила к уменьшению представленности родов Coprococcus, Bifidobacterium, Collinsella и увеличению количества Clostridium, Bacteroides, Coprobacillus и Flavonifractor У половины пациентов эрадикационная терапия сопровождалась снижением как числа видов, так и индекса Шеннона, что свидетельствуют об уменьшении общего разнообразия и, как следствие, снижении устойчивости сообщества с возможным преобладанием отдельных видов Полученные результаты позволяют предположить, что изменения состава биоценоза кишечника на фоне эра-дикационной терапии индивидуальны и обусловлены исходным состоянием кишечной микробиоты с преобладанием тех или иных ее представителей